El Acuario Nacional de la República Dominicana, fue fundado el 22 de julio de 1990, mediante el Decreto Núm. 245-90, Emitido por el Presidente Dr. Joaquín A. Balaguer Ricardo por la necesidad de crear el Patronato del Acuario Nacional, con personalidad jurídica y patrimonio propio. Este Patronato, conformado por personas e instituciones señaladas por el Poder Ejecutivo, tendría entre sus atribuciones, coordinar junto con la Dirección del Acuario Nacional, las actividades científicas y educativas efectuadas por la entidad. En ese mismo año se integran a dicho Patronato el Centro de Investigación de Biología Marina, dependencia de la Facultad de Ciencias de la Universidad Autónoma de Santo Domingo, mediante el Decreto Núm. 385-90 y el Museo Nacional de Historia Natural, con el Decreto Núm. 515-90. En el año 2000, se promulgó la Ley Núm. 64-00 que crea la Secretaría de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales, hoy Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales, y se adscribe el Acuario Nacional a este organismo, pero conservando la autonomía funcional, jurisdiccional y financiera, así como patrimonio y personalidad jurídica propia.